Салехардский речной порт располагает возможностью принятия грузов, прибывающих водным, железнодорожным и автомобильным транспортом. На стороне Салехарда выгрузка может осуществляться кранами г/п до 25 тн, методом Ро-Ро и такелажным способом.
На грузовом районе Лабытнанги производится выгрузка ж/д подвижного состава, автомобильного транспорта и судов различного класса с помощью портальных кранов г/п до 27 тн, Ро-Ро выгрузкой, с помощью эстакад для съезда техники.
Хранение грузов осуществляется на трех грузовых районах: один склад в г.Лабытнанги, два склада в г.Салехард. Хранение осуществляется на открытых складах. Территория складов огорожена, имеется видеонаблюдение, работает пропускной режим.